Cafiero主管|理论与计算化学

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 汞财团

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教授Cafiero主管的集团是一个成员 汞财团在文科院校在全国各地一组计算和理论化学家。本组已共享的高性能计算资源不断的NSF资助在过去的十年。

弹簧2015:梅乐莉莫里斯'16,凯蒂hatstat '16,海莉威姆斯'15,黛安娜bigler,'15,萨拉约翰逊'15,丹尼尔威尔逊'17。 (未图示:卡罗琳dishuck '17,愈伤组织克尼'17,阿比里特'18和Emily哈里森'18)

计算/实验协作

教授Cafiero主管的组与合成和生物有机研究组合作 教授larryn彼得森。合作项目包括配体的磺基转移酶中的酶的结合进行了研究。

配体/蛋白质结合

很多我们最近的工作都集中在环状分子之间的弱相互作用。这些环状分子处于身体非常稳定的,因此我们的生理使用它们在许多方面。最近我们一直致力于多巴胺模拟分子和磺酶之间的相互作用。磺基转移酶有助于缓和身体中的小分子运输,可以激活或去活的生物活性分子。我们希望我们的研究将有助于确定这些酶的选择性的机制。

我们的一些其他工作,包括研究与DNA的一小部分模型嵌入物分子的相互作用。我们希望找出插层分子是什么DNA的部分最容易坚持,而且我们希望表征及定量这种相互作用。这项工作可以在开发新的化疗更有效地治疗癌症提供帮助。

 酶酪氨酸羟化酶。

 

 

模型芳香绑定

为了对酶和生物分子进行的理论工作,我们需要对这些类型的系统工作良好良好的量子力学方法。我们研究这些方法用于评估哪些是最适合生物应用的目的。       

 两个苯环分子的静电势地图结合在一起。

 

 

当前学生理论化学组

戴安娜bigler,2015年

 项目: 戴安娜正在研究用磺和glucoronyltransferase酶配体的相互作用。

会议演讲:

1.第11届会议的汞(2012年,刘易斯堡,PA),海报:“MP2和乙酰氨基酚,葡萄糖基转移酶的活性位点之间的相互作用能的理论计算。”

2.大学孟菲斯本科化学会议(2013年,孟菲斯,田纳西州),口服的:“MP2和两个磺基转移酶酶的配体选择性的DFT分析”。

3.第245次美国化学学会全国会议(2013年,新奥尔良,洛杉矶),海报:“MP2和二磺酶的配体选择性的DFT分析。”

4.第12汞会议(2013年,刘易斯堡,PA),海报:“MP2和磺基转移酶酶的配体选择性的DFT分析:sult1a3”。

5.会议上计算化学(2013年,杰克逊,MS),海报当前的趋势:“MP2和磺基转移酶酶的配体选择性的DFT分析:sult1a3”

6.大学孟菲斯本科化学会议(2014年,孟菲斯,田纳西州),口服的:“MP2和磺基转移酶酶的配体选择性的DFT分析:sult1a3”

7.第245次美国化学学会全国会议(2014年,达拉斯,德克萨斯州),海报:“MP2和磺酶的配体选择性的DFT分析:。sult1a3”

荷莉威姆斯,2015年

 项目: 荷莉正在研究用磺酶配体的相互作用。

会议演讲:

1.大学孟菲斯本科化学会议(2013年,孟菲斯,田纳西州),口服的:“MP2和两个磺基转移酶酶的配体选择性的DFT分析”。

2.第245次美国化学学会全国会议(2013年,新奥尔良,洛杉矶),海报:“MP2和二磺酶的配体选择性的DFT分析。”

“MP2和磺酶的配体选择性的DFT分析:。SULT1A1” 3.计算化学(2013年,杰克逊,MS),海报当前流行趋势发布会

4.大学孟菲斯本科化学会议(2014年,孟菲斯,田纳西州),口服的:“MP2和磺基转移酶酶的配体选择性的DFT分析:SULT1A1”

5.第245次美国化学学会全国会议(2014年,达拉斯,德克萨斯州),海报:“MP2和磺酶的配体选择性的DFT分析:。SULT1A1”

凯蒂hatstat 2016

 项目: 凯蒂正在设计用于COMT酶抑制剂。

出版物:

1.k.m.迪乔瓦尼,一。兆hatstat,珍死记硬背和米。 Cafiero主管,“对乙酰氨基酚和醋氨酚类似物和芳基磺基转移酶的活性位点之间的相互作用能量的MP2 // DFT计算。”计算和理论化学,DOI:10.1016 / j.comptc.2012.12.004。

会议演讲:

1.大学本科孟菲斯化学会议(2014年,孟菲斯,田纳西州),口服:“溶剂化的吗啡的结合作用,脑啡肽,以及乙酰胆碱其他配体结合蛋白和μ阿片受体。”

2.第245次美国化学学会全国会议(2014年,达拉斯,德克萨斯州),海报:“溶剂化的吗啡的结合作用,脑啡肽,和其他配体与乙酰胆碱结合蛋白和μ阿片受体”

马洛里·莫里斯2016

 项目: 马洛里正在设计用于COMT酶抑制剂。

 达尼埃尔·威尔逊,2017年

项目:丹尼尔正在研究SULT1A1酶的选择性。

 卡罗琳dishuck,2017年

项目: 卡罗琳正在设计抑制剂为lpxc酶。

 

 愈伤组织平克尼,2017年

项目: 愈伤组织正在研究COMT和sult1a3的活动称为药品。

的理论化学基团的校友

看到理论化学组成员米歇尔shroyer在 真正罗德!

看到以前的理论化学组成员卡琳娜面包车镰刀作为 罗德的面孔!

雷切尔·桑德斯,2014 - 目前药房学生在佐治亚医学院。

 项目: 瑞秋正在研究可以在HMG-CoA还原酶的变构部位结合并作用到中度身体产生胆固醇的配体。

会议演讲:

孟菲斯大学本科化学会议(2012年,孟菲斯,田纳西州),口服的1.university:“MP2和HGM-CoA还原酶的非竞争性抑制剂的密度泛函理论研究。”

2.第11届会议的汞(2012年,刘易斯堡,PA),海报:“MP2和HGM-CoA还原酶的非竞争性抑制剂的密度泛函理论研究。”

3.在计算化学目前的趋势(2012年,杰克逊,MS),海报21会议:“一个MP2和新的配体NADP结合位点的选择性的密度泛函理论研究。”

4.大学本科孟菲斯化学会议(2013年,孟菲斯,田纳西州),口服:“对于新的配体NADP结合位点的选择性的MP2和密度泛函理论研究。”

5.第245次美国化学学会全国会议(2013年,新奥尔良,洛杉矶),海报:“一个MP2和新的配体NADP结合位点的选择性的密度泛函理论研究。”

阿利杜瓦瓶,2014 - 目前是化学专业的学生在密歇根大学。

 项目: 阿利设计抑制剂为lpxc酶。

会议演讲:

孟菲斯本科化学会议(2014年,孟菲斯,田纳西)的1.university,口服:“在lpxc活性位点的天然底物类似物相互作用的MP2和DFT研究”。

2.第247次美国化学学会全国会议(2014年,达拉斯,德克萨斯州),海报:“一个MP2和在lpxc活性位点的自然底物类似物相互作用的密度泛函理论研究”

阿什利tufton,2013

 项目: 阿什利正在研究的DNA车型不同配体的夹层。

会议演讲:

1.大学本科孟菲斯化学会议(2012年,孟菲斯,田纳西州),口服:“溶剂和骨干电荷对DNA的插层相互作用的影响。”

2.第243次美国化学学会全国会议(2012年,加利福尼亚州圣地亚哥),海报:“溶剂和骨干电荷对DNA的插层相互作用”

3.第11届会议的汞(2012年,刘易斯堡,PA),海报:“的硼化和小核酸车型非硼化插层的相互作用。”

“的硼化和小核酸车型非硼化插层的相互作用。”:4.在计算化学(2012年,杰克逊,MS),海报目前的趋势21会议

5.大学孟菲斯本科化学会议(2013年,孟菲斯,田纳西州),口服的:“在小核酸模型硼化和非硼化的插层的相互作用”。

6.第245次美国化学学会全国会议(2013年,新奥尔良,洛杉矶),海报:“小核酸车型硼化和非硼化插层的相互作用”

凯利佳佳,2012(荣誉研究) - 目前就读于医学阿肯色大学医学院

会议演讲:

1.大学孟菲斯本科化学会议(孟菲斯,田纳西),谈话:“:应用于癌症治疗MP2和硼化的芳族分子与小DNA模型之间的相互作用能量的DFT计算”。

2.美国化学学会全国会议(阿纳海姆,CA),海报:“MP2和硼化芳香分子和小DNA模型之间的相互作用能的理论计算:应用于癌症治疗。”

3.第10汞会议(2011年,刘易斯堡,PA),海报:“MP2和硼化芳香分子和小DNA模型之间的相互作用能的理论计算:应用于癌症治疗。”

“:应用到癌症治疗MP2和硼化芳香分子和小DNA模型之间的相互作用能的理论计算:” 4.在计算化学(2011年,杰克逊,MS),海报目前的趋势20届大会

5.大学孟菲斯本科化学会议(2012年,孟菲斯,田纳西州),谈话:“:应用于癌症治疗MP2和硼化的芳族分子与小DNA模型之间的相互作用能量的DFT计算”。

6.第243次美国化学学会全国会议(2012年,加利福尼亚州圣地亚哥),海报:“MP2和硼化芳香分子和小DNA模型之间的相互作用能的理论计算:应用到癌症治疗”

佐伊·克拉克2012年 (荣誉研究) - 目前新墨西哥大学医学院的学生

会议演讲:

1.第九届汞会议(克林顿,纽约州),2010年8月“相关的从头算建模蛋白质 - 药物相互作用的方法和ONIOM方法进行了比较:新型他汀类药物。”

2.在计算化学目前的趋势20届大会(2011年,杰克逊,MS),海报:“:癌症的潜在标志物胞嘧啶甲基化的典范。”

孟菲斯大学本科化学会议(2012年,孟菲斯,田纳西州)的3.university,口服:“为胞嘧啶甲基化的模型:癌症的潜在标志物。”

4.243rd美国化学学会全国会议(2012年,加利福尼亚州圣地亚哥),海报:“:癌症的潜在标志物胞嘧啶甲基化的典范。”

艾琳·卡特,2012 (荣誉研究)

出版物:

1.电子。一种。记,米。 C。利文古德,E。即卡特,米。湖MCKENNA,以及m。 Cafiero主管“在配体的结合芳族相互作用HMG-CoA还原酶”。 学家物理层。化学。湾 113,14810(2009)。

会议演讲:

1.mercury 2009年会议,2009年8月(克林顿,纽约州)

在计算化学(杰克逊,MS)目前的趋势,2.18th会议“尼古丁结合和电荷迁移achbp的芳香盒。”

第3.9汞会议(克林顿,NY),2010年8月“中achbp的芳香族盒配体结合和电荷迁移。”

“在achbp的芳香盒配体结合和电荷迁移”:在计算化学(2011年,杰克逊,MS),海报目前的趋势4.20th会议

孟菲斯大学本科化学会议的5.university(2012年,孟菲斯,田纳西州),海报。 “尼古丁achbp的芳香盒结合和电荷迁移。”

6.243rd美国化学学会全国会议(圣地亚哥,CA),海报:“在achbp的芳香盒配体结合和电荷迁移”

凯瑟琳·迪乔瓦尼,2012 - 目前在UT医学院学医的,孟菲斯

出版物:

1.k.m.迪乔瓦尼,一。兆hatstat,珍死记硬背和米。 Cafiero主管,“对乙酰氨基酚和醋氨酚类似物和芳基磺基转移酶的活性位点之间的相互作用能量的MP2 // DFT计算。”计算和理论化学,DOI:10.1016 / j.comptc.2012.12.004。

会议演讲:

1.第10汞会议(2011年,刘易斯堡,PA),海报:“对乙酰氨基酚和对乙酰氨基酚类似物的芳基磺基转移酶的相互作用能的MP2计算。”

2.在计算化学目前的趋势20届大会(2011年,杰克逊,MS),海报:“对乙酰氨基酚和对乙酰氨基酚类似物的芳基磺基转移酶的相互作用能的MP2计算。”

3.大学本科孟菲斯化学会议(2012年,孟菲斯,田纳西州)的,谈话:“对乙酰氨基酚和对乙酰氨基酚类似物的芳基磺基转移酶的相互作用能的MP2计算。”

4.第243次美国化学学会全国会议(2012年,加利福尼亚州圣地亚哥),海报:“对乙酰氨基酚和对乙酰氨基酚类似物的芳基磺基转移酶的相互作用能的MP2计算”

卡罗琳利,2011 (荣誉研究) - 当前医学生在路易斯安那州立大学 - 新奥尔良

出版物:

1. L.R. hofto,C。即Lee和m.cafiero“刻度梯度依赖校正LSDA为芳族相互作用DFT方法:应用到色氨酸羟化酶” 学家可比。化学。 30,1111(2009)。

会议演讲:

1.美国化学学会全国会议,2008年3月(新奥尔良,洛杉矶)“的蛋白质 - 配体系统的分散状的力量小说DFT方法的评价。”

2. ESPA 2008年,2008年9月(帕尔马,西班牙)“在色氨酸羟化酶和氨基酸脱羧酶蛋白质 - 配体相互作用能量:用于生产羟色胺的影响。”

3.美国化学学会全国会议,2009年3月(盐湖城,犹他州)“中血清素合成的分散性和感应力:DFT和从头计算的结果。”

4.美国化学学会全国会议,2010年3月(旧金山,CA)“的血清素合成的分散性和感应力:DFT和从头计算的结果。”

5.大学孟菲斯本科化学会议(孟菲斯,田纳西),谈话:“配体在多巴脱羧酶活性位点和具有改进的活性位点结合亲和力新配体的硅片设计结合量子化学分析“。

6.美国化学学会全国会议,2011年3月(阿纳海姆,CA),“配体在多巴脱羧酶活性位点和具有改进的活性位点结合亲和力新配体的硅片设计结合量子化学分析”。

米歇尔shroyer,2011 (荣誉研究) - 目前的研究在儿童阿拉巴马州的医院副教授。

出版物:

1.ķ。面包车镰刀,米。 C。 shroyer和m。 Cafiero主管,“芳香和键缀合的上单取代的六元碳环之间分散状的力的影响。” 学家molec。结构:theochem。 941,78(2010)。

会议演讲:

1.在计算化学(杰克逊,MS),当前的趋势第十八会议“从头和配体 - 核酸结合模型的DFT计算”。

2.美国化学学会全国会议,2010年3月(旧金山,CA),“从头和配体核酸结合模型的理论计算。”

3.本科研究会,在山上海报(华盛顿特区),“从头和配体核酸结合模型的理论计算。”

4.大学本科孟菲斯化学会议(孟菲斯,田纳西州),讲:“越来越复杂的模型,DNA碱基之间的平面分子嵌入:DFT和ONIOM结果MP2,。”

5.美国化学学会全国会议,2011年3月(阿纳海姆,CA),“日益复杂的模型,DNA碱基之间的平面分子嵌入:MP2,DFT和ONIOM结果。”

佳佳的价格,2011 (荣誉研究) - 目前在得克萨斯州,圣安东尼奥大学的医科学生

出版物:

1.阁下utkov,上午的价格和m。 Cafiero主管,“MP2,密度泛函理论,以及一系列的他汀类药物样分子和HMG-CoA还原酶的活性位点。之间的相互作用能量的半经验计算”计算和理论化学,967,171(2011)。

会议演讲:

1.在计算化学(杰克逊,MS),目前的趋势第18届大会“的使用从头算和DFT方法新颖胆固醇药物缓和基于片段的设计。”

2.第九汞会议(克林顿,NY),“相关Ab的从头建模蛋白质 - 药物相互作用的方法和ONIOM方法的比较:新颖他汀类药物”。

3.孟菲斯大学本科化学会议大学(孟菲斯,田纳西州),讲:“使用MP2,蛋白质 - 配体相互作用能和新颖的他汀类药物的开发从头QSAR的DFT和半emperical计算的。”

利兹牛仔裤,2011 - 目前在高峰医学院的医学生

会议演讲:

在计算化学(杰克逊,MS),当前的趋势1.18th会议“完整基组外推CCSD(t)和关于各种苯和环硼氮烷二聚物的相互作用能量的DFT方法的比较”。

2.american化学学会全国会议,2010年3月(旧金山,CA),“完整的基组外推CCSD(T)和各种苯硼嗪二聚体的相互作用能DFT方法的比较。”

孟菲斯本科化学会议的3.university(孟菲斯,田纳西),谈话:“完整的基组外推CCSD(T)和在复杂苯和环硼氮烷分子与溶剂和蛋白质的相互作用能量的DFT方法的比较:作用在癌症治疗中的硼化分子“。

4.美国化学学会全国会议,2011年3月(阿纳海姆,CA),“完整的基组外推CCSD(T)和与溶剂和蛋白质复杂苯硼氮烷分子的相互作用能DFT方法的比较:角色在癌症治疗中的硼化分子“。

猎人utkov,2010年,目前在得克萨斯州,圣安东尼奥大学的医科学生

出版物:

1.阁下utkov,米。莱文古德和米。 Cafiero主管,“使用密度泛函理论方法进行建模诱导和分散相互作用的配体 - 蛋白质复合物。”计算化学年度报告,第六版。

2.阁下utkov,上午的价格和m。 Cafiero主管,“MP2,密度泛函理论,以及一系列的他汀类药物样分子和HMG-CoA还原酶的活性位点。之间的相互作用能量的半经验计算”计算和理论化学,967,171(2011)。

会议演讲:

1.美国化学学会全国会议,2009年3月(盐湖城,犹他州)“的使用从头算和DFT方法新颖胆固醇药物放缓官能团为基础的设计。”

量子化学,2009年6月(赫尔辛基,芬兰)的第13届2.国际大会“的新颖胆固醇缓和药官能团的基于设计的从头算和DFT方法”。

3.美国化学学会全国会议,2010年3月(旧金山,加州)“的使用从头算和DFT方法新颖胆固醇药物放缓官能团为基础的设计。”

劳拉hofto,2010(荣誉研究) - 牙医,田纳西州诺克斯维尔。

出版物:

1。L。河hofto,K。面包车镰刀和m。 Cafiero主管“在14个多芳分子夹心型电子相互作用的评价。” int值。学家量子化学,DOI:10.1002 / qua.21426。

2. L.R. hofto,M.E。 hofto,J.N.交叉,并且m。 Cafiero主管,“使用简单的分子轨道计算来预测疾病:施加到在PKU牵连,帕金森氏diseas,和强迫症的酶快速DFT方法” AIP CONF。 PROC。,940,127-136(2007)。

3. L.R. hofto,CE值Lee和m.cafiero“刻度梯度依赖校正LSDA为芳族相互作用DFT方法:应用到色氨酸羟化酶” 学家可比。化学。 30,1111(2009)。

会议演讲:

1. complife,2007年10月(utretch,荷兰)“使用简单的分子轨道计算来预测疾病”。

2.汞2007会议,2007年8月(克林顿,NY)“用于描述分散相互作用新颖密度泛函理论方法”。

3.美国化学学会全国会议,2008年3月(新奥尔良,洛杉矶)“的蛋白质 - 配体系统的分散状的力量小说DFT方法的评价。”

4. ESPA 2008年,2008年9月(帕尔马,西班牙)“在色氨酸羟化酶和氨基酸脱羧酶蛋白质 - 配体相互作用能量:用于生产羟色胺的影响。”

5.在计算化学(杰克逊,MS),目前的趋势第18届大会“对乙酰氨基酚和acetaminophenlike分子代谢的分子模型。”

6.美国化学学会全国会议,2010年3月(旧金山,加州),“对乙酰氨基酚和acetaminophenlike分子代谢的分子模型。”

梅根hofto,2007年(荣誉研究) - 医生,伯明翰,阿拉巴马州。

出版物:

1.米。即hofto,一。 godfrey_kittle和m。 Cafiero主管“在酶苯丙氨酸羟化酶基板 - 蛋白质相互作用能量:DFT和从头结果”,theochem, DOI:10.1016 / j.theochem.2007.01.023

2.米。即hofto,J.N.交叉,并且m。 Cafiero主管“中的酪氨酸羟化酶和苯丙氨酸羟化酶呤类似物和苯丙氨酸残基之间相互作用能量。”,物理化学B, DOI:10.1021 / jp072518w。

会议演讲:

1.美国化学学会全国会议上,2007年3月(芝加哥,IL),海报:“:DFT和从头导致苯丙氨酸羟化酶蛋白质/配体相互作用。”

2.在计算化学目前的流行趋势发布会,2006年11月(杰克逊,MS),海报:“密度泛函理论方法在蛋白质相互作用分散”

洛瑞culberson,2008年(荣誉研究) - 博士后,美国桑迪亚国家实验室。

出版物:

1.k.面包车镰刀,L.M。 culberson,J.L holzmacher和米。 Cafiero主管“的密度泛函理论方法吲哚和取代的苯之间的电子相互作用的评价:应用辣根过氧化物酶”。 INT。学家量子化学。 107,1523年至1531年(2007年)。

会议演讲: 

1.汞2007会议,2007年8月(克林顿,NY)“用于描述分散相互作用新颖密度泛函理论方法”。

2. CCTCC 2007年,2007年11月(杰克逊,MS)“用于建模分散相互作用两电子DFT方法”

3.美国化学学会全国会议,2008年3月(新奥尔良)“双电子建模分散相互作用的DFT方法”

杰西卡交叉,2008 - 博士后研究员,太平洋海洋环境实验室。

出版物:

1.米。即hofto,J.N.交叉,并且m。 Cafiero主管“中的酪氨酸羟化酶和苯丙氨酸羟化酶呤类似物和苯丙氨酸残基之间相互作用能量。”,物理化学B, DOI:10.1021 / jp072518w .

2. hofto,LR,hofto,我,交叉,JN,和Cafiero主管,米,“使用简单的分子轨道计算来预测疾病:适用于在PKU牵连,帕金森氏diseas,和强迫症的酶快速DFT方法。” AIP CONF。 PROC。,940,127-136(2007)。

会议演讲:

1.美国化学学会全国会议上,2007年3月(芝加哥,IL),海报:“:DFT和从头导致苯丙氨酸羟化酶蛋白质/配体相互作用。”

2.在计算化学目前的流行趋势发布会,2006年11月(杰克逊,MS),海报:“密度泛函理论方法在蛋白质相互作用分散”

3. 2007年CCTCC,2007年11月(杰克逊,MS)“,可在水中DFT dissolv CO2?”

4.美国化学学会全国会议,2008年3月(新奥尔良)“可以DFT溶于水的二氧化碳?”

卡琳娜面包车镰刀,2008 - 医生的物理治疗。

出版物:

1。L。河hofto,K。面包车镰刀和m。 Cafiero主管“在14个多芳分子夹心型电子相互作用的评价。” int值。学家量子化学, DOI:10.1002 / qua.21426。

2.ķ。面包车镰刀,L.M。 culberson,J.L holzmacher和米。 Cafiero主管“的密度泛函理论方法吲哚和取代的苯之间的电子相互作用的评价:应用辣根过氧化物酶”。 INT。学家量子化学。 107,1523年至1531年(2007年)。

3.ķ。面包车镰刀,米。 C。 shroyer和m。 Cafiero主管,“芳香和键缀合的上单取代的六元碳环之间分散状的力的影响。” 学家molec。结构:theochem。 941,78(2010)。

组图片

弹簧2013:前:阿什利tufton '13,阿利杜瓦'14,黛安娜bigler '15;第二行:拉结磨光机'14,珍死记硬背'15;回:荷莉威姆斯'15,凯蒂hatstat '16。

弹簧,2010:前:米歇尔shroyer(11),艾里价格(11),李卡罗琳(11);回:兆迪乔瓦尼(12),钻杆艾利森(12)和Liz牛仔裤(11)。